性器官，也稱為生殖器官，是參與有性生殖的生物體的一部分。性器官構成生物體的主要性特徵。性器官負責產生和運輸配子，以及促進受精和支持後代的發育和出生。性器官存在於許多動植物物種中，其特徵因物種而異。

性器官通常分為男性和女性類型。在人類中，男性性器官包括睾丸、陰莖和前列腺；女性性器官包括卵巢、輸卵管、子宮、子宮頸、陰道和外陰。

在動物（包括人類）中，雄性的睾丸和雌性的卵巢被稱為初級性器官。所有其他與性有關的器官都稱為第二性器官，分為內部和外部性器官。外部性器官包括生殖器或外生殖器，在兩性出生時都可見。

在植物中，雄性生殖結構包括開花植物中產生花粉的雄蕊。雌性生殖結構，例如開花植物中的雌蕊，產生胚珠並接受花粉進行受精。苔蘚、蕨類植物和一些類似的植物具有配子體作為生殖器官，是配子體的一部分。開花植物的花產生花粉和卵細胞，但性器官本身位於花粉和胚珠內的配子體內。針葉植物同樣在包含在球果和花粉中的配子體內產生它們的有性生殖結構。球果和花粉本身並不是性器官。

性器官共同構成了生物體的生殖系統。