玩家必須在不被敵人發現的情況下，帶領主角 Solid Snake 穿過核武器設施。當 Snake 進入敵人的視野時，他會啟動吸引敵人的“警報模式”。然後玩家必須躲起來直到“逃避模式”開始；當計數器歸零時，遊戲返回“滲透模式”，敵人不再可疑。雷達不能用於警戒或規避模式。除了隱身遊戲之外，定位序列還需要玩家和敵人之間的交火。

為了不被發現，玩家可以使用 Snake 的能力和環境，例如在物體下方爬行、使用箱子作為掩護、躲避或躲在牆壁周圍，以及製造噪音來分散敵人的注意力。屏幕上的雷達為玩家提供附近敵人的位置及其視野。 Snake 還可以使用許多物品和小工具，例如紅外線護目鏡和紙板箱偽裝。對潛行的強調促進了一種不那麼暴力的遊戲形式，因為與大群敵人的戰鬥通常會對 Snake 造成嚴重傷害。

儘管切換到 3D，遊戲仍然主要從類似於原始 2D Metalic Gearic Solide 遊戲的俯視視角進行遊戲。然而，在某些情況下，攝像機角度會發生變化，例如當 Snake 將自己平放在空地旁邊的牆上時的角落視圖，或者當在狹小空間內爬行時進入第一人稱視角，或者當裝備某些物品（例如雙筒望遠鏡或狙擊槍。玩家還可以在空閒時使用第一人稱視角環顧 Snake 的周圍，看看他前方有什麼。

過場動畫和編解碼器以及與老闆的遭遇打斷了進展。為了取得進步，玩家必鬚髮現每個老闆的弱點並擊敗他們。播放控制和策略也可以通過 Codec 收音機訪問，其中建議來自 Snake 的支持團隊；例如，支持團隊可能會懲罰 Snake 沒有足夠頻繁地保存他的進度，或者根據在遊戲手柄上按哪個按鈕來解釋他的戰鬥動作。編解碼器還用於提供遊戲背景故事的說明。

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